Portal de Transparencia

Actividad investigadora:

• Artículos en revistas
  • [2019] A Parallel Image Skeletonizing Method Using Spiking Neural P Systems with Weights
  • [2019] An artificial intelligent diagnostic system on mobile Android terminals for cholelithiasis by lightweight convolutional neural network
  • [2019] Computational methods for identifying the critical nodes in biological networks
  • [2019] Deep collaborative filtering for prediction of disease genes
  • [2019] Double Layers Self-Organized Spiking Neural P Systems With Anti-Spikes for Fingerprint Recognition
  • [2019] Engineered toxin-intein antimicrobials can selectively target and kill antibiotic-resistant bacteria in mixed populations
  • [2019] Engineered toxin?intein antimicrobials can selectively target and kill antibiotic-resistant bacteria in mixed populations
  • [2019] U-Next: A Novel Convolution Neural Network With an Aggregation U-Net Architecture for Gallstone Segmentation in CT Images
  • [2018] LncRNA-disease association prediction based on neighborhood information aggregation in neural network
  • [2017] A New Improved and Extended Version of the Multicell Bacterial Simulator gro DOI: 10.1021/acssynbio.7b00003
  • [2017] BioBlocks: Programming Protocols in Biology Made Easier DOI : 10.1021/acssynbio.6b00304
  • [2017] Highly Biocompatible Drug-Delivery Systems Based on DNA Nanotechnology
  • [2017] Meta-path methods for prioritizing candidate disease miRNAs
  • [2017] Meta-path methods for prioritizing candidate disease miRNAs
  • [2017] Probability-based collaborative filtering model for predicting gene-disease associations
  • [2017] Spiking Neural P Systems with Colored Spikes Autores
  • [2017] Theory and Application of Bio-inspired Intelligence and Methods J.UCS Special Issue
  • [2016] Prediction of MicroRNA-disease Associations by Matrix Completion
  • [2016] Sensitivity analysis of Repast computational ecology models with R/Repast
  • [2015] An Autonomous In Vivo Dual Selection Protocol for Boolean Genetic Circuits
  • [2015] Bacterial computing with engineered populations
  • [2015] BactoSim - An Individual-Based Simulation Environment for Bacterial Conjugation
  • [2014] DNA strand displacement system running logic programs
  • [2013] P systems with proteins on membranes characterize PSPACE
  • [2013] POLYNOMIAL TIME-BOUNDED COMPUTATIONS IN SPIKING NEURAL P SYSTEMS
  • [2013] Probabilistic Reasoning with an Enzyme-Driven DNA Device
  • [2013] Probabilistic reasoning with a Bayesian DNA device based on strand displacement
  • [2012] DNA biosensors that reason
  • [2011] A review of the nondeterministic waiting time algorithm
  • [2011] ON THE POWER OF FAMILIES OF RECOGNIZER SPIKING NEURAL P SYSTEMS
  • [2011] On the scalability of biocomputing algorithms: The case of the maximum clique problem
  • [2011] P SYSTEMS WITH PROTEINS ON MEMBRANES: A SURVEY
  • [2011] Simulating a Rock-Scissors-Paper Bacterial Game with a Discrete Cellular Automaton
  • [2011] Spiking Neural P Systems with Several Types of Spikes
  • [2010] Biomolecular computing devices in Synthetic Biology
  • [2010] Nanoinformatics and DNA-Based Computing: Catalyzing Nanomedicine
  • [2010] Nanoinformatics and DNA-Based Computing: Catalyzing Nanomedicine
  • [2010] Polynomial Complexity Classes in Spiking Neural P Systems
  • [2009] On the Power of Computing with Proteins on Membranes
  • [2009] A New Model of Synthetic Genetic Oscillator Based on Trans-Acting Repressor Ribozyme
  • [2009] Effects of HIV-1 Proteins on the Fas-Mediated Apoptotic Signaling Cascade: A Computational Study of Latent CD4+ T Cell Activation
  • [2009] On the Hopcroft's minimization technique for DFA and DFCA
  • [2009] Sequential SNP systems based on min/max spike numbers
  • [2009] Spiking neural P systems: Stronger normal forms
  • [2008] Discrete Nondeterministic Modeling of the Fas Pathway
  • [2008] On the power of elementary features in spiking neural P systems
  • [2008] Towards a Robust Biocomputing Solution of Intractable Problems
  • [2007] A P System and a Constructive Membrane-Inspired DNA Algorithm for Solving the Maximum Clique Problem
  • [2007] Crossover and Mutation Operators for Grammar-guided Genetic Programming
  • [2007] Initialization Method for Grammar-guided Genetic Programming
  • [2007] Membrane computing and complexity theory: A characterization of PSPACE
  • [2007] Normal forms for spiking neural P systems
  • [2007] Towards a lessons learned system for critical software
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• Capítulos de libros
  • [2018] An Implementation of Elementary Arithmetic with Virus Machine
  • [2008] Biomolecular computing devices in Synthetic Biology
  • [2008] Grammar-Guided Genetic Programming
• Conferencias invitadas en congresos
  • [2015] Biocircuits engineering and bio-design automation: some recent results
  • [2013] Biología Programable: 18 FAQs sobre Biología Sintética de un informático
• Cursos, seminarios y tutoriales
  • [2015] Plaswires-Evoprog Summerschool
  • [2011] Biochemical Signaling: a discrete simulation with Memory Enhancement
  • [2011] Máster en Dirección y Gobierno de TIC (versión semi-presencial)
  • [2010] Computación biomolecular, un punto de encuentro entre la computación, la biología y la nanotecnología.
  • [2010] Máster en Dirección y Gobierno de TIC
  • [2008] Engineering Genetic Devices
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• Libros
  • [2007] Gestión del Conocimiento
• Otras Publicaciones
  • [2012] One-gene oscillators with a positive transcriptional feedback and a negative interaction
• Otros méritos
  • [2016] Acreditado a Catedrático de Universidad
• Patentes
  • [2012] DISPOSITIVOS DE ÁCIDOS NUCLEICOS PARA LA REALIZACIÓN DE INFERENCIA LÓGICA
• Ponencia en Congresos
  • [2019] A simple division of labour mechanism that drives homogeneous bacterial colonies to spatial de novo patterns
  • [2019] The multicellular incoherent feedforward loop : a novel intercellular motif for spatial pattern generation
  • [2018] An auxin hormone - signaling factors oscillator regulates time-dependent branching in the Arabidopsis root
  • [2017] Iteratively collective prediction of disease-gene associations through the incomplete network
  • [2016] BioBlocks :A web-based visual environment for programming experimental protocols in biological sciences
  • [2015] A Preliminary Assessment of Three Strategies for the Agent-Based Modeling of Bacterial Conjugation
  • [2015] BactoSim - An Individual-Based Simulation Environment for Bacterial Conjugation
  • [2013] Probabilistic Reasoning with an Enzyme-driven DNA Device
  • [2012] One-gene oscillators with a positive transcriptional feedback and a negative interaction
  • [2012] Probabilistic Reasoning with a Bayesian DNA Device Based on Strand Displacement
  • [2011] Autonomous Resolution Based on DNA Strand Displacement
  • [2011] Biochemical Signaling: a discrete simulation with Memory Enhancement
  • [2011] Simulating a Rock-Scissors-Paper Bacterial Game with a Discrete Cellular Automaton
  • [2011] Spiking Neural P Systems with Several Types of Spikes
  • [2010] Inference with DNA molecules
  • [2008] Hopcroft’s Minimization Technique: Queues or Stacks?
  • [2007] A Parallel DNA Algorithm Using a Microfluidic Device to Build Scheduling Grids
  • [2007] On Flip-Flop Membrane Systems with Proteins
  • [2007] Towards a Robust Biocomputing Solution of Intractable Problems
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• Proyectos de I+D+i
  • [2019] PROMICELLS: PROgramable living drugs engineering MIcrobial CELLS
  • [2018] ENGINEERING MULTICELLULAR BIOCIRCUITS:PROGRAMMING CELL-CELL COMMUNICATION USING PASMIDS AND WIRE PLASWIRES
  • [2018] GENERAL-PURPOSE PROGRAMMABLE EVOLUTION MACHINE ON A CHIP EVOPROG
  • [2018] INGENIERIA MICROBIANA, SALUD Y CALIDAD DE VIDA (INGEMICS-CM)
  • [2017] PRO.BIO.MA: PROGRAMMABLE BIOLOGICAL MACHINES
  • [2016] -: Ingeniería de biocircuitos programables para computación analógica, multicelular y espacial
  • [2015] -: Programación e ingeniería de biocircuitos: diseño y modelado in silico
  • [2015] EVO.PRO.BIOTICS: EVOlutionary PROgrammable antiBIOTICS
  • [2014] EVOLUTIONARY PROGRAMMABLE ANTIBIOTICS
  • [2014] PROGRAMACIO E INGENIERIA DE BIOCIRCUITOS, DISEÑO Y MODELADO IN SILICO
  • [2013] ENGINEERING MULTICELLULAR BIOCIRCUITS:PROGRAMMING CELL-CELL COMMUNICATION USING PASMIDS AND WIRE PLASWIRES
  • [2013] EVOPROG
  • [2013] EVOPROG: General-Purpose Programmable Evolution Machine on a Chip
  • [2013] PLASWIRES: Engineering multicellular biocircuits: programming cell-cell communication using plasmids as wires
  • [2013] PROGRAMACIO E INGENIERIA DE BIOCIRCUITOS, DISEÑO Y MODELADO IN SILICO
  • [2013] PROGRAMACION E INGENIERIA DE BIOCIRCUITOS: DISEÑO Y MODELADO IN SILICO
  • [2011] MODELADO DE PROCESOS BIOLOGICOS CON SISTEMAS P Y DISEÑO DE NUEVOS DISPOSITIVOS DE COMPUTO BIOMOLECULARES
  • [2011] Máster en Dirección y Gobierno de TIC
  • [2010] IMPARTICION DEL IX Y X MASTER EN DIRECCION DE SISTEMAS Y TECNOLOGIAS DE LA INFORMACION Y LAS COMUNICACIONES PARA LA ADMINISTRACION LOCAL (DISTIC-AL) EN 2009 Y 20
  • [2010] INPARTICION DEL XIV Y X MASTER EN DIRECCION DE SISTEMAS Y TECNOLOGIAS DE LA INFORMACION Y LAS COMUNICACIONES (DISTIC-AD) EN 2009 Y 2010
  • [2010] Impartición Máster en Ingeniería del Conocimiento
  • [2010] MODELADO DE PROCESOS BIOLOGICOS CON SISTEMAS P Y DISEÑO DE NUEVOS DISPOSITIVOS DE COMPUTO BIOMOLECULARES
  • [2010] Nº 248919 - BATERIAL COMPUTING WITH ENGINEERED POPULATIONS.
  • [2010] REDES TEMATICAS DE INVESTIGACION COOPERATIVA EN SALUD (RETICS)
  • [2009] COMPUTACIÓN NO CONVENCIONAL
  • [2009] CONVENIO DE COLABORACION PARA LA IMPARTICIÓN DEL MASTER EN DIRECCIÓN DE SISTEMAS Y TECNOLOGIAS DE LA INFORMACION Y LAS COMUNICACIONES (DISTIC-AD)(2º MODULO IX MA
  • [2009] Convenio de Colaboración para la impartición del Master en Dirección de Sistemas y Tecnologías de la Información y las Comunicaciones para la Administración Loca
  • [2009] DESARROLLO DE APLICACIONES DE LA COMPUTACION CELULAR CON MEMBRANAS Y LA COMPUTACION BIOMOLECULAR EN LA LA BIOLOGIA
  • [2009] IMPARTICION DEL IX Y X MASTER EN DIRECCION DE SISTEMAS Y TECNOLOGIAS DE LA INFORMACION Y LAS COMUNICACIONES PARA LA ADMINISTRACION LOCAL (DISTIC-AL) EN 2009 Y 20
  • [2009] IMPARTICION DEL XIV Y X MASTER EN DIRECCION DE SISTEMAS Y TECNOLOGIAS DE LA INFORMACION Y LAS COMUNICACIONES (DISTIC-AD) EN 2009 Y 2010
  • [2009] MASTER EN DIRECCION DE SISTEMAS Y TECNOLOGIAS DE LA INFORMACION Y LAS COMUNICACIONES (DISTIC-AD) (3º MODULO XIII MASTER, 2º MODULO XIV MASTER Y 1º MODULO XV MAST
  • [2009] MASTER EN DIRECCION DE SISTEMAS Y TECNOLOGIAS DE LA INFORMACION Y LAS COMUNICACIONES PARA LA ADMINISTRACION LOCAL (DISTIC-AL) VIII MASTER 3º MODULO, IX MASTER 2º
  • [2009] MODELADO DE PROCESOS BIOLOGICOS CON SISTEMAS P Y DISEÑO DE NUEVOS DISPOSITIVOS DE COMPUTO BIOMOLECULARES
  • [2009] REDES TEMATICAS DE INVESTIGACION COOPERATIVA EN SALUD (RETICS)
  • [2008] Convenio de Colaboración entre el Instituto Nacional de Administración Pública y la UPM par la Impartición del Master en Dirección de Sistemas y Tecnologías de la Información y las Comunicaciones (DISTIC-AD)
  • [2008] Convenio de Colaboración entre el Instituto Nacional de Administración Pública y la UPM par la Impartición del Master en Dirección de Sistemas y Tecnologías de la Información y las Comunicaciones (DISTIC-AD) (3º Módulo XII Master, 2º Módulo XIV Master y 1º Módulo XV Master)
  • [2008] Convenio de Colaboración entre el Instituto Nacional de Administración Pública y la UPM par la Impartición del Master en Dirección de Sistemas y Tecnologías de la Información y las Comunicaciones para la Administración Local (DISTIC-AL) (3º Módulo VII Master, 2º Módulo IX Master y 1ª Módulo X Master
  • [2008] Convenio de Colaboración entre el Instituto Nacional de Administración Pública y la UPM para la Impartición del Master en Dirección de Sistemas y Tecnologías de la Información y las Comunicaciones para la Administración Local (DISTIC-AL)
  • [2008] DESARROLLO DE APLICACIONES DE LA COMPUTACIÓN CELULAR CON MEMBRANAS Y LA COMPUTACIÓN BIOMOLECULAR EN LA LA BIOLOGÍA
  • [2008] Membrane Systems
  • [2008] Sistema Inteligente para el Análisis, Integración y Valoración Isocinética-Posturográfica de la Columna Vertebral.
  • [2007] Convenio de Colaboración entre el INAP y la UPM para la impartición del Máster en Dirección de Sistemas y Tecnologías de la Información y las Comunicaciones (DISTC-AD)
  • [2007] Convenio de Colaboración entre el INAP y la UPM para la impartición del Máster en Dirección de Sistemas y Tecnologías de la Información y las Comunicaciones para la Administración Local (DISTIC-AL)
  • [2007] Desarrollo de Aplicaciones de la Computación Celular con Membranas y la Computación Biomolecular
  • [2007] Membrane Systems.
  • [2007] Sistema Inteligente para el Análisis, Integración y Valoración Isocinética-Posturográfica de la Columna Vertebral
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• Responsabilidades
  • [2014] Miembro comité de programa del congreso 'DNA Computing'
  • [2012] Comité de Programa del Congreso "DNA Computing"
  • [2012] Tutor de dos investigadores Ramón y Cajal (Andrei Paun y Petr Sosík) que hoy ya son profesores I3 permanentes en mi grupo de investigación.
• Tesis Doctorales
  • [2018] Modelling bacterial ecological strategies using an individual-based simulator
  • [2017] A new agent-based platform for simulating multicellular biocircuits with conjugative plasmids
  • [2017] An end-to-end tool for automation of biological protocols
  • [2017] Conditional plasmid conjugation as wiring for multicellular biocircuits: individual-based modeling and simulation
  • [2017] Modeling and analyzing the kinetic of conjugative plasmids
  • [2016] Computación celular con membranas: un estudio de modelos de cómputo bioinspirados
  • [2013] Inference models in DNA Computing
  • [2012] Oscillatory genetic circuits: new designs and mathematical models
  • [2009] LA CONCIENCIA. MODELADO DE SUS FUNCIONES COGNITIVAS PARA ENTIDADES ARTIFICIALES MEDIANTE REDES NEURONALES MODULARES
  • [2008] UNA TEORÍA PARA EL DESARROLLO SOFTWARE CONSTRUÍDA MEDIANTE TÉCNICAS Y MODELOS DE GESTIÓN DEL CONOCIMIENTO
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